Sejarah Desa Prupuh tidak terlepas dari sejarah Masyarakat Panceng di Kabupaten Gresik. Desa ini awalnya bernama desa Tamu dengan lurah tanpa batas waktu yang bernama Petinggi. Lurah Sareman adalah Kepala Desa yang disegani dan berpengaruh terhadap masyarakat. karena sangat terpengaruh oleh gaya kehidupan masyarakat Panceng.

Karena adanya semangat perubahan maka desa ini diubah namanya menjadi desa Plupoh yang artinya alat pemukul seorang penggembala. Seiring dengan perkembangan zaman yang mengubah ejaan yang disempurnakan menjadi Prupuh

 Adapun kepala desa yang pernah menjabat hingga sekarang adalah sebagai berikut:

1. Sareman (tahun .......s.d 1940),
2. Kasbiran (tahun 1940 s.d 1972),
3. Tamat Nolo Prawiro (tahun 1972 s.d 1987),
4. Dijabat seorang PJ bernama Sumareh (tahun 1987 s.d 1989),
5. Abdul Fatah (tahun 1990 s.d 1998),
6. Abdul Malik (tahun 1998 s.d 2007),
7. Nur khayat, SH (tahun 2007 s.d 2013),
8. Sulanam, SH (tahun 2013 s.d 2019) dan
9. Mushollin (tahun 2019 s.d sekarang)