Secara geografis Desa Prupuh terletak diantara 6  desa yaitu

• Utara           : Desa Dalegan Kecamatan Panceng
• Timur          : Desa Surowiti Kec. Panceng, Desa Canga’an Kec. Ujung Pangkah
• Selatan       : Desa Ketanen Kecamatan Panceng
• Barat           : Desa Ketanen, Desa Campurejo Kecamatan Panceng

Topografi ketinggian Desa Prupuh adalah berupa dataran rendah yaitu  sekitar 25 m diatas permukaan air laut. Curah hujan terbanyak terjadi pada bulan Nopember s/d Pebruari yang merupakan curah hujan tertinggi selama kurun waktu 2014 – 2019.

Secara admnistratif, Desa Prupuh terletak di wilayah Kecamatan Panceng Kabupaten Gresik dengan posisi dibatasi oleh wilayah desa – desa tetangga.

Jarak tempuh Desa Prupuh ke Ibu Kota Kecamatan adalah 1 Km yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 5 menit. Sedangkan jarak tempuh ke ibu kota Kabupaten adalah 30 Km yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 60 Menit.